Según el Decreto 62/2003, de 8 de mayo, se declara el “Río Guadalupejo” como corredor ecológico de Biodiversidad.
Desde su nacimiento, a la altura de Guadalupe, hasta su desembocadura, posee
unos valores naturales muy importantes desde el punto de vista ecológico
y paisajístico.
El valle del Guadalupejo se encuentra señalado por sierras cuarcíticas,
como la Sierra de San Simón que llega al río
Guadiana, encontrando después continuidad en la Sierra de los
Golondrinos.
En los tramos altos y bajos del río podemos encontrar galerías ribereñas termomediterraneas, los bosques galerias de Salix alba y Populus alba, los bosques de fresno, los bosques aluviales, prados mediterraneos y juncos.
También son importantes las formaciones vegetales asociadas a sus márgenes, como: Pastizales de gramíneas y anuales y bosques mixtos de Quercus ilex y Quercus suber.
En el apartado faunístico cuenta con gran cantidad de especies y aves acuáticas y en el apartado piscícola podemos destacar la abundancia de Pardillas y Cachuelos.
El corredor ecológico “río Guadalupejo”, declarado de protección especial de aves, presenta la vegetación y la fauna típica de los humedales, así se divisan garzas, grullas, garcillas, martín pescador, cigüeñas (blanca y negra), distintas especies de ánades, galápago leproso.
Recorre los términos municipales de Guadalupe, Alía,
Castilblanco y Valdecaballeros, coincidiendo el tramo con un Lugar
de Interés Comunitario (LIC), relativo a la Conservación
de los Hábitat Naturales y de la Flora y Fauna Silvestre. Además,
en su tramo superior coincide con el límite de la ZEPA de
Villuercas e Ibores y su tramo inferior está dentro de la ZEPA
de Puerto Peña – Sierra de los Golondrinos.